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A:一般虚拟筛选的小分子结合能低，docking分数很不错但实际活性不好是什么原因?反之如果活性好的，一定结合的好吗?
B:docking分数好，结合能也不错，这和活性没有关系。活性好，也不一定就结合的特别好，还要考虑结合质量，还有假阳性的情况。最好测酶活以及Ki(Kd)。
如果docking分数好，结合能也不错，最终的Ki也很好的话，你可以考虑做PROTACs，结合能也不错，最终的Ki也很好的话，你可以考虑做PROTACs啊。
殷赋科技:@A 对接打分与活性的相关性高的基础上结合模式正确，不正确的结合模式，打分再高，活性也不好。这正是药效团的要义。
B: docking出的结果，有哪些验证方法啊?除了MM/PBSA，MM/GBSA，FEP+，或是分子动力学，还有那些啊?
殷赋科技:最直接的方法，莫过于做结晶，其次是定点突变。计算不能验证计算，毕竟你说的这些计算方法都是建立在对接结果基础上的，一步错，步步错。
B: 赞同!定点突变具体是什么操作?
殷赋科技:具体的实验操作我不清楚，但这项技术是很成熟的了。可以咨询下外包公司。
B:我还以为是计算机技术。懂了。我们也用结晶或是酶试验直接验证的。
殷赋科技:这里使用定点突变的目的是，将对接结果揭示的关键残基突变掉，理论上会引起配体结合力的下降，如果实验证实是这样，那么，对接结果(结合模式)就很有可能是正确的。计算结果还得用实验来检验。
2
A:请教个问题，分子动力学一般平衡需要多少时间，采样多少时间?
B:稳定了就行，没有必须要求的时间。
A:不知道啥时候稳定,一般你们用多少?
C:如果体系不是非常大的话可以先15-20ns。
A:采样呢?
C:你指的是拿来分析的那一段?
A:是的。
C:一般是轨迹的三分之一以上吧，前提是这一段比较平稳。
3
A:一个药品的AUC是663·7 nmol/l × h ，能看出这个药物的生物利用率是高还是低么?
B: 查查生物利用度的定义是什么?
A:我想知道这种物质的生物利用率，但是上面只有个AUC，然后有说AUC高生物利用率就高的。
B:个人不认同这种说法。
C:AUC只是曲线下面积吧，只能告诉你吸收了多少，不能评价高低吧。
A:哦哦，那有办法知道这种物质的生物利用率么?
D:相同给药剂量下，口服给药AUC与静脉给药AUC的比值，即为生物利用度。
E:这个一般看相对生物利用度，要结合口服剂量计算的。
D:口服小分子药物的生物利用度一般在10%到30%，仅供参考。
A:啊，我还以为生物利用率是进入血液的量比上口服的量呢?
E:是血液与口服比值，没错。
A:是不是还有一个药理生物利用度啊?
F:生物利用度的概念就一个。
G:绝对生物利用度和相对生物利用度。
4
A:请问PDB数据库目前只有一个解析出来的晶体结构，但是该结构中间氨基酸残基有缺失，可以用什么方法补全?
B:可以查查这个蛋白跟哪些蛋白相似性比较高，借助别的蛋白来补。
A:补的时候可以用什么软件来补，可以用同源建模来吗?
D:modeller补全残基。
E:想请教一下，Gromacs里边什么功能可以计算每一个残基与参考结构的rmsd?
F:make_ndx可以给每个残基建立索引，配合批处理可以做出来。
G:在做药效团数据库时遇到一个decoys数据库的概念，这个是用来防止假阳性吗？
H: 方法验证用的。
I:金属离子与蛋白发生作用，如何处理离子来做分子对接?
J: 有金属参与你可以把金属的参数导入到对接程序的库里，但对接的结果没什么说服力，审稿人一般也不会轻易认同。想研究金属参与的反应，最好是qmmm 或者qm。
K:请教个ECD计算的问题。我的化合物算出来的峰形和实测值很近。就是峰高差的挺大的。一个是10另一个只有1这样的结果能用吗?
L: 可以的，把小的乘以10 或者大的除以10。
A:一般虚拟筛选的小分子结合能低，docking分数很不错但实际活性不好是什么原因?反之如果活性好的，一定结合的好吗?
B:docking分数好，结合能也不错，这和活性没有关系。活性好，也不一定就结合的特别好，还要考虑结合质量，还有假阳性的情况。最好测酶活以及Ki(Kd)。
如果docking分数好，结合能也不错，最终的Ki也很好的话，你可以考虑做PROTACs，结合能也不错，最终的Ki也很好的话，你可以考虑做PROTACs啊。
殷赋科技:@A 对接打分与活性的相关性高的基础上结合模式正确，不正确的结合模式，打分再高，活性也不好。这正是药效团的要义。
B: docking出的结果，有哪些验证方法啊?除了MM/PBSA，MM/GBSA，FEP+，或是分子动力学，还有那些啊?
殷赋科技:最直接的方法，莫过于做结晶，其次是定点突变。计算不能验证计算，毕竟你说的这些计算方法都是建立在对接结果基础上的，一步错，步步错。
B: 赞同!定点突变具体是什么操作?
殷赋科技:具体的实验操作我不清楚，但这项技术是很成熟的了。可以咨询下外包公司。
B:我还以为是计算机技术。懂了。我们也用结晶或是酶试验直接验证的。
殷赋科技:这里使用定点突变的目的是，将对接结果揭示的关键残基突变掉，理论上会引起配体结合力的下降，如果实验证实是这样，那么，对接结果(结合模式)就很有可能是正确的。计算结果还得用实验来检验。
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A:请教个问题，分子动力学一般平衡需要多少时间，采样多少时间?
B:稳定了就行，没有必须要求的时间。
A:不知道啥时候稳定,一般你们用多少?
C:如果体系不是非常大的话可以先15-20ns。
A:采样呢?
C:你指的是拿来分析的那一段?
A:是的。
C:一般是轨迹的三分之一以上吧，前提是这一段比较平稳。
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A:一个药品的AUC是663·7 nmol/l × h ，能看出这个药物的生物利用率是高还是低么?
B: 查查生物利用度的定义是什么?
A:我想知道这种物质的生物利用率，但是上面只有个AUC，然后有说AUC高生物利用率就高的。
B:个人不认同这种说法。
C:AUC只是曲线下面积吧，只能告诉你吸收了多少，不能评价高低吧。
A:哦哦，那有办法知道这种物质的生物利用率么?
D:相同给药剂量下，口服给药AUC与静脉给药AUC的比值，即为生物利用度。
E:这个一般看相对生物利用度，要结合口服剂量计算的。
D:口服小分子药物的生物利用度一般在10%到30%，仅供参考。
A:啊，我还以为生物利用率是进入血液的量比上口服的量呢?
E:是血液与口服比值，没错。
A:是不是还有一个药理生物利用度啊?
F:生物利用度的概念就一个。
G:绝对生物利用度和相对生物利用度。
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A:请问PDB数据库目前只有一个解析出来的晶体结构，但是该结构中间氨基酸残基有缺失，可以用什么方法补全?
B:可以查查这个蛋白跟哪些蛋白相似性比较高，借助别的蛋白来补。
A:补的时候可以用什么软件来补，可以用同源建模来吗?
D:modeller补全残基。
E:想请教一下，Gromacs里边什么功能可以计算每一个残基与参考结构的rmsd?
F:make_ndx可以给每个残基建立索引，配合批处理可以做出来。
G:在做药效团数据库时遇到一个decoys数据库的概念，这个是用来防止假阳性吗？
H: 方法验证用的。
I:金属离子与蛋白发生作用，如何处理离子来做分子对接?
J: 有金属参与你可以把金属的参数导入到对接程序的库里，但对接的结果没什么说服力，审稿人一般也不会轻易认同。想研究金属参与的反应，最好是qmmm 或者qm。
K:请教个ECD计算的问题。我的化合物算出来的峰形和实测值很近。就是峰高差的挺大的。一个是10另一个只有1这样的结果能用吗?
L: 可以的，把小的乘以10 或者大的除以10。
