本文研究了影响水平填充井水力裂缝扩展的几个参数。填充井是一种水平井,通常与现有的生产井(遗留井)平行钻取,以确保非常规油藏完整部分的生产。由于孔隙压力与应力之间的孔隙弹性关系,遗留井的生产降低了枯竭区...
多井凝析气藏生产数据分析模型的建立
生产数据分析(PDA)是确定油藏可采储量和预测油藏未来动态的关键步骤。此外,长期使用这些数据,包括瞬态和拟稳态条件,将导致对水库行为的深入了解。凝析气藏面临的挑战之一是确定产能。所有用于储层性能评价的...
分子模拟在氟噁唑酰胺对映体选择性活性及毒性差异机理研究中的应用
本期是关于分子模拟在开发高效低风险农药研究领域的应用,内含ECD计算、同源模建、分子对接等多项技术的综合应用,收录在【殷赋案例】专辑中。 手性农药占现代农药的30%,大部分手性农药都是以外消旋混合物的...
如何运用分子对接成功筛选减缓细胞衰老的天然产物
本期是关于基于分子对接的虚拟筛选在发现下丘脑神经干细胞衰老调控的潜在靶点与天然小分子药物研究中的应用。 人口老龄化是世界各国亟待解决的问题。机体衰老与下丘脑神经干细胞衰竭密切相关。下丘脑是人体的神经-...
ECD/NMR计算确证天然产物金丝桃酮A-C的绝对构型
本期是关于ECD/NMR计算在确证天然产物金丝桃酮A-C的绝对构型研究中的应用。 从特色天然产物类群和重要药用植物类群中发掘结构新颖、活性显著的化合物是植物化学研究领域的重要内容。多环多异戊烯基间苯三...
如何使用NMR/ECD解析内生真菌沉默基因簇的新型天然产物结构
本期关于如何使用NMR/ECD解析内生真菌沉默基因簇的新型天然产物结构 真菌一直是活性天然产物和临床药物的重要来源。真菌基因组中蕴含天然的生物合成基因簇,但这些基因簇在实验室条件下绝大部分是沉默的。基...
殷赋案例 | 分子动力学在酚类-葡萄糖苷酶作用机制研究中的应用
研究人员依据分子对接打分调整了对接策略,通过三聚体而非单体的结合方式完美解释了实验结果。 研究人员运用分子动力学模拟,通过均方根偏差(RMSD)、均方根波动(RMSF)、旋转半径(...
CMS:CoCrNi中熵合金纳米开裂变形机制的分子动力学模拟
作为一种新型金属材料,中熵合金(MEA)由于其优异的性能,包括优异的强度和延展性、高断裂韧性、抗冲击性和耐磨性等,近年来引起了广泛的研究兴趣。对MEA中原子尺度机制的研究已将优异性能与多种变形机制联系...
什么是分子动力学模拟?
物理学家、计算机科学家和生物医学工程师走进一家酒吧……开始打台球。生物医学工程师瞄准并将母球打入袋子,将其他 15 个球散落在桌子上。物理学家看着母球碰撞并将动量传递给其他球,然后吐槽生物医学工程师在...
GROMACS教程【02】分子动力学模拟结果分析常用命令(二)
1.导出固定的帧 很多时候我们需要导出分子动力学轨迹中某一时刻的结构构象,比如比较动力学前后的构象差异,就需要导出轨迹中的第一帧和最后一帧。在Gromacs中,导出固定帧十分容易,常用命令如下: gm...