文献解读｜比较基因组学在微生物领域的应用

Hello，大家好，今天给大家介绍基因组测序中的比较基因组学的应用范围，干货满满哦！

1.寻找基因/基因簇的来源与进化历程，发现基因的功能适应性以及新的基因簇的结构组成。

2.寻找与表型相关的基因或突变位点，例如耐药性基因。

3.物种进化树、基因进化树分析，判断物种的起源以及物种鉴定等。

4.泛基因组分析，共有基因、特有基因分析，找到基因组独有功能表型所对应的基因。

5.共线性分析，寻找基因组大片段变异。

6.特定类型的基因类群或家族分析。

研究文献示例

1 Diversity and distribution of the bmp gene cluster and its Polybrominated products in the genus Pseudoalteromonas

   DOI:10.1111/1462-2920.14532

主要结果：比较基因组学揭示了101个Pseudoalteromonas基因组中分布在19个基因组中的4个不同的基因簇结构。这些主要定位于包含Pseudoalteromonasluteoviolacea和Pseudoalteromonasphenolica型菌株的最不具包容性的进化枝，在某些谱系中显示出明显的基因和基因簇丢失证据。Bmp基因系统发育与Pseudoalteromonas物种系统发育基本一致，表明该属内的垂直遗传。

2. Phylogenetically informative mutations in genes implicated in antibiotic resistance in Mycobacterium tuberculosis complex

DOI:10.1186/s13073-020-00726-5

主要结果：为了解结核分枝杆菌复合物（Mycobacteriumtuberculosis complex，MTBC）中与抗生素耐药相关的基因的遗传变异的关系。该作者对405个MTBC菌株进行了21种抗结核药物耐药性的92个基因的SNP检测，如下图所示分为了7个进化分支，确定基因型与表型之间的关系。

主要结果：Leptospira是一个高度异质的细菌属，可分为三个进化谱系和300多个血清型。这篇文章使用了545个高度保守的基因作为核心基因组MLST（cgMLST）基因分型方案，适用于整个Leptospira属，包括非致病物种。对来自不同物种，来源和地理位置的509个基因组（包括327个新测序的基因组）进行了cgMLST基因分型的评估。系统发育分析表明，cgMLST定义了物种，进化枝，亚进化枝，克隆群和cgMLST序列类型（cgST），对缺失数据具有高精度和稳定性。