用途

为虚拟筛选准备小型化合物库（化合物数量<=2万），处理内容包括：质子化和去质子化、生成3D结构并能量最小化。

入口

平台地址：https://cloud.yinfotek.com/

功能入口：左侧菜单栏【计算方案】->【大方案】->【虚拟筛选】->【准备化合物结构】

步骤

1. 上传分子结构文件

可以上传多个文件，经过平台处理，会合并到同一个输出文件中。

2. 点击【提交】，提交任务。

2万个化合物的计算时间预计为1小时左右。

3. 下载分子结构

4. 查看分子描述符的统计结果，了解该库的大致情况。

平台给出了6种分子描述符的频率直方图：

• 原子数（Number of Atoms）

所有原子的个数，包括氢原子。

• 可旋转键数（Number of Rotatable Bonds）

可旋转键的个数，详见《小分子构象搜索》的预备知识。

• 氢键受体数（Number of Hydrogen Bond Acceptors）

氢键受体的数目，包括：F、O、N原子。

• 氢键供体数（Number of Hydrogen Bond Donors）

氢键供体的数目，包括：-OH、-NH。

• 油-水分配系数（Oil-Water Partition Coefficient）logP

物质在正辛醇和水中的分配系数比值的对数值。

计算的logP值可能跟实验测定值有较大差异。

• 拓扑极性表面积（Topology Polar Surface Area，TPSA）

TPSA是根据分子的拓扑结构计算得到的分子表面极性面积。

TPSA不考虑分子的三维结构。