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德国的校长有两种称谓，一种是校长Rektor和辅助校长工作的副校长Prorektor，需要具备教授职称，任期至少两年，可连选连任；另一种是校长Prasident，任期至少四年，不一定是教授，但要受过高等教育，并有多年从事科学、经济、行政管理或法律维护等工作的职业经验，能够胜任大学校长的工作任务要求。
德国大学校长的遴选与任命在传统上是分离的，大学可以自己遴选校长，但是需要得到州政府的授权和认可，如德国巴伐利亚州的《高等学校法》对校长遴选做出了统一的规定，慕尼黑大学的《基本章程》对此进行了更加详细的规定，即大学校长由学校理事会选举产生，并由学校理事会向州政府主管科学、研究和艺术的部长提出建议，获得任命。
遴选的程序一般是先由学校组织建立专门的学术评议会，评议会的成员通常是大学里的教授，再由评议会通过合法的规程开展大学校长的遴选，最终人选通过政府委任得以产生。如德国柏林大学规定校长的遴选程序是：1.学术评议会提出获得三分之一成员支持的校长人选建议；2.监察委员会有权驳回学术评议会建议一次；3.学术评议会表决通过校长人选；4.该校长人选需要获得大学师生员工代表会的多数票通过；5.最终校长人选须得到柏林州政府评议会的委任。
德国大学的治理结构由三个重要部分组成：理事会或校董会担负决策职能；校评议会或学术委员会担负立法职能；校长办公会担负行政职能。这三者构成了大学内部决策管理的权力制衡机制，没有哪一方可以单独做出重大的决定，保证了所有的决策都能建立在广泛共识的基础上。此外，虽然各方都能参与决策，但是在学术委员会中占大多数比例的大学教授才是实质上的决策者。校长主要负责大学的有序运转，通过做出必要的决策来维持大学秩序。例如，听取评议会的意见，主持讨论和执行学术委员会的议题和决议，权衡并裁定相关机构所做出的决定和采取的措施，等等。
德国大学的校长可以辞职，同时大学的理事会也有权决定解聘校长。德国柏林州《高等学校法》规定出现以下情况时则终止校长的任期：1.原定的任期终止，且没有获得连任；2.校长年满65岁；3.校长向州评议会负责的成员提交了辞职信；4.由于其他原因而终止了公务员的身份。慕尼黑大学则规定理事会可以基于重大的原因以三分之二的多数票撤销校长的职务。
从2008年开始，德国高校联合会每年都会组织一次大学校长的评比活动，由联合会成员即各个大学的教授投票决定排名顺序。投票者需要根据自己的判断从18项备选的能力或特性中，选择5个对大学校长而言最重要的能力和特性。然后再对应这18项能力或特性给自己所在大学的校长打分，最高是6分，最低是1分，除了定量打分以外，投票者还可以进行直接的评价。参与评比的校长必须上任至少100天，并且保证在次年3月颁奖时仍然在职。2012年列入评价范围的18项能力或特性按照重要性排列分别为：领导能力、尊重科学文化的差异性、大学运作的知识、预见力、沟通能力、解决问题的能力、决定的勇气、公平、诚实、社交能力、谈判技巧、自信、分析能力、与政治的良好接触、坦率、具有很高的科学声誉、与经济界的良好接触和媒介素养。
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