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日本的大学有国立和私立之分，其校长的遴选机制大体上都由选举和任命两个阶段构成，但也存在一些差异。
国立大学的校长遴选参照《国立大学法人法》。国立大学法人的组织机构包括校长、董事会、经营协议会和教育研究评议会等。其中，校长是核心机构，代表国立大学法人总管学校事务；董事会为最高决策机构，设置校长1人、监事2人、理事则根据学校规模的不同有2至8人不等，理事由校长任命，监事由文部科学大臣任命；教育研究评议会负责审议教学研究方面的事宜，会长由校长担任，成员包括校长指定的董事、研究科长、学部长、附属研究所所长以及其他重要研究机构的负责人和根据评议会规定校长任命的职员；经营协议会负责审议大学的经营事宜，会长也由校长担任，成员包括校长指定的董事及职员、根据经营协议会意见任命的校外委员，且校外委员的人数须超过半数。
《国立大学法人法》规定，校长由各大学设置的校长选考会遴选，由文部科学大臣任命，任职期限为2到6年，具体任职年限、选拔程序、方式等由各大学自行决定。校长选考会成员主要来自教育研究评议会和经营协议会的校外委员从经营协议会中选出的代表，且两个协议会的代表人数相同。除此之外，还可以加上校长或理事，但这些人不得超过校长选考会委员总数的三分之一。遴选流程大致分为以下几个阶段：（1）校长考选会决定校长任职条件；（2）董事会、经营协议会、教育研究评议会推荐校长候选人；（3）校长考选会选出几名候选人为第二次候选者；（4）校内公开投票选出最终候选人；（5）文部科学大臣根据国立大学法人的申报任命校长。在实际的选任过程中，每所大学都有自己的遴选方法，很多国立大学采取校内意向投票的方式选出候选人，作为校长选考委员会最终选定校长的参考意见。
另外，《国立大学法人法》对校长的解任作了特别说明：在校长出现身心疾病、违反职务上的义务、业绩恶化等情况时，根据校长选考会的申报，文部科学大臣可以将校长解任。
私立大学的校长遴选基本不受行政干预，只要不违背《学校教育法》规定的公益性原则，大学可实现一定程度上的自治。因此，私立大学的校长多由各大学自行设定评选方式，并由大学理事会最终任命。
