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法国是大学的发源地之一，最初的大学是由教师与学生构成的自治团体，校长作为大学行会的首脑(caput studii)，在大学内部与外部具有荣誉权和特别优先权，“自治”是中世纪大学诞生以来的重要传统。校长 (recteur)的拉丁文为“rector”，源自“regere”，本意为“管理、领导”，法国大学校长一词为Recteur，副校长一词为Vice-recteur.
创建于13世纪初的法国巴黎大学校长由四个民族团的师生共同选举产生，校长作为学校最高行政负责人，对内负责协调教学工作，对外作为大学宪章的守卫者，代表大学与教会和政府交涉，甚至可以决定巴黎城市的学生住房租金和图书租借费。但是当年学校经费来源极少，财政管理无从谈起。大学真正的民主决策机构是全体教师大会，在改选校长时，全体教师要对当任校长的工作进行审查。
法国的大学校长选拔和大学治理逐步演变，到了十六世纪，法国的大学基本形成了“三院制”治理模式雏形：行政委员会、学术委员会和大学生学习与生活委员会。也有一些大学实施“一院制”治理模式，由单一的委员会负责学校的整体决策。校长的遴选要求具备教授职称，并由三院成员组成的大会选举产生，这一制度体现了学院式治理的精神，大学自治、教授治校。
1968年法国的《高等教育指导法》（《富尔法》Faure Act）奠定了法国大学的学院式治理模式，其中第15条规定：校长应是本校正式教授和行政委员会成员，校长任期5年，不得连任，除非行政委员会以三分之二的多数做出特殊决定。1984年的《高等教育法》（《萨瓦里法》Savary Bill）沿袭了“大学自治”精神，并进一步规定了大学校长的资格和选举程序，《萨瓦里法》第15条规定：校长由在大学长期任职的、具有法国籍的教授、研究员中选出，不再强调本校正式教授才可担任。
2007年法国《大学自由与责任法》调整了大学校长的选举程序，校长不再是由三院全体成员组成的大会选举产生，而只由行政委员会成员的绝对多数选举产生。任期由5年变为4年，但可连任。校长资格不必一定具有法国国籍，也不限于本校人员，但必须是教授、研究员、讲师或身份相当的人员。校长的权力也有所加强，他可以录用合同制的教学、科研和行政人员，包括录用外籍教师，合同制人员的工资可以突破公职人员工资额度限制。除个别竞聘录用的人员外，校长可以否定任何其认为不当的职位。校长还可以根据员工个人业绩颁发奖金。
大学校长权力的加强，使大学治理模式变得权力过于集中化，自颁布后，引起法国大学学者的不满，反对声不断，最终导致法律的反弹。2013年根据高等教育与研究的新法律规定，大学校长由行政委员会中成员的绝对多数，在教师-研究员、教授或讲师及其他相当身份的人员中选举产生。候选人资格不限国籍，也不限合作者或受邀者，任期为4年，可连任一届。校长的权力比2007年的法律规定有所限制。但候选资格放开，允许校外人士直接竞选校长。
