【分子动力学教程】处理Amber轨迹

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用途

处理Amber分子动力学轨迹，方便后续分析。功能包括：轨迹合并、采样、重设时间、截取部分原子、删除水和离子、成像居中和构象叠合。

预备知识

成像居中

对于包含盒子信息、采用显式溶剂模型和周期性边界条件（PBC）的体系，在长时间的动力学模拟过程中，分子很容易发生“漂移”，导致一部分原子出现在盒子（ 元胞）之外，这部分原子又会从盒子另一侧出现（图1），水分子更是容易跑散了，模拟后的结构非常难看，甚至出现横跨盒子的超长的 共价键。为此，需要对轨迹进行 成像居中处理，让镜像原子回到正确的位置，跑偏的分子重新回到盒子中心甚至是坐标原点（图2）。

入口

平台地址：https://cloud.yinfotek.com/

功能入口：左侧菜单栏【计算方案】->【大方案】->【分子动力学】->【处理Amber轨迹】

步骤

1. 选择结构文件和设定采样范围

在云盘中，轨迹文件和对应的拓扑文件会存放在相同目录下。

轨迹文件可以多选，但它们必须对应内容相同的拓扑文件，轨迹文件每个原子都与拓扑文件对应。例如，下图所示两个轨迹文件是不同批次的动力学模拟结果，但拓扑文件相同，因此可同时选择。

2. 设置参数

此处提供对轨迹常规处理的功能，大多数情况下采用默认设置即可。

模拟时长

对采样得到的轨迹重新设定模拟时间， 起始时间为第一帧的时间起点， 时间间隔为每一帧对应的时长。

一般情况下， 采样间隔等于 时间间隔。用户应在正确理解的前提下根据实际进行设置，否则，不应修改或应咨询客服。

原子范围填写Amber mask（详见【分子动力学模拟（Amber 20）】预备知识），若不填写，则输出全部原子（除非下面 操作中勾选 删除水或 删除金属离子）。 输出文件填写文件名。

操作处理
- 勾选 删除水或 删除金属离子，将从轨迹中删除这些结构；
- 成像居中会对轨迹每一帧进行居中处理。该项处理只对含有盒子信息（即采用显式溶剂模型和周期性边界条件PBC）的轨迹有效，可居中至 盒子中心或 坐标原点；
- 勾选 叠合功能，则将每一帧叠合到参照结构上，提供三种参照结构：轨迹所有帧的 平均结构、轨迹第1帧或者用户上传的 参照文件。